果胶酶外观呈浅黄色粉末状，被称为四大酶制剂之一。其实果胶酶并不特指某一种酶，而是分解果胶的一类酶的总称，包括半乳糖醛酸酶、果胶分解酶和果胶脂酶等。
果胶酶能够分解果胶，瓦解植物细胞壁及胞间层，使榨取果汁变得容易，而且果胶分解成可溶性的半乳糖醛酸，也会让浑浊的果汁变得变得澄清。果胶酶主要存在于高等植物和微生物中，另外在某些原生动物和昆虫中也有发现。目前市售食品级果胶酶的主要来源是黑曲霉的代谢产物。
果胶酶在果汁生产中起着非常重要的作用。一般情况下，水果经破碎后的果汁中含有果胶、纤维素等固体物，根据分子大小，果胶起到植物纤维的作用，它会阻止甚至使液体流动停止，使固体粒子保持悬浮、汁液处于均匀的浑浊状态。因此，制作果汁必须将果胶分解，使其失去活性，才能使汁液达到澄清的目的，而果胶酶就可以起到这个作用。
果胶酶作用于果胶中D-半乳糖醛酸残基之间的糖苷键，可以打破果胶分子，软化果肉组织中的果质胶，使高分子的半乳糖醛酸降解半乳糖醛酸和果胶酸小分子物质。此外，果胶的多糖链也会被降解，果胶分子的这种连续降解会使果汁中的固形物失去依托而沉降下来，从而增强果汁澄清效果，提高和加快果汁的可滤性和过滤速度，增加了出汁率。
果胶酶除了可以应用在果蔬汁的生产、果酒的澄清方面，还可以提取天然产物，利用果胶酶生产的提取物有银杏叶提取物、大蒜油浓缩液、人参浆等。除此之外，果胶酶在造纸业也起着非常重要的作用，造纸工业会通过果胶酶等酶来处理降解植物纤维原料中的果胶、半纤维素及木质素，使其分散成满足造纸工业不同要求的束纤维或单纤维，以生产柔软、均一、有弹性的高品质材料。
果胶酶的应用领域非常广泛，给人们的生活带来了便利。
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