伤口愈合试验(Wound healing assay)是一种使用方便、经济实惠的科学研究细胞迁移/恶性肿瘤侵蚀的体外试验方式,在SCI论文中获得了普遍的应用【1】。
怎样分析划痕实验结论却令很多人头痛!划痕实验普遍的数量指标是统计分析伤口愈合百分数(Wound healing percentage)和划痕宽度。伤口愈合百分比实质上是一种面积分析,白芷在以往已经给各位介绍过30秒解决划痕面积分析,有感兴趣的朋友可以自主查询!
划痕面积的基本上分析流程为:对划痕照片开展Process -> Smooth光滑后开展Process -> Find Edges找寻边沿,再应用Image -> Adjust -> Threshold,阀值选中后开展划痕面积分析:
划痕面积的分析坚信各位已经很了解了,殊不知应用ImageJ分析试验划痕宽度却重重困难!在互联网上我注意到有很多人都对划痕宽度测算心存疑惑:
有关宽度测算现阶段较常用的办法是应用Plugins -> Analyze -> Grid加上定距的直线(Horizontal lines)或者垂直线,再顺着直线或者垂线手动漫出划痕宽度,再应用Analyze -> Measure开展测算:
这类方式 存有缺陷:
手动式划线起始点和终点站欠精准;加上的定距直线总数比较有限,获得的均值宽度不精确;劳动量大,消耗时间。
01、基本知识提前准备
(1)灰度级灰度值纯黑色为0、纯白色为255:
(2)Plot Profile
Plot Profile(键盘快捷键 Ctrl K)常见于Analyze -> Plot Profile,适用线和方形选框,表明线条和方形选框所通过的范畴内的灰度级转变(莹光抗压强度),如下图:
Plot Profile常见于判定表明莹光共精准定位【2】与方形范畴内莹光抗压强度转变【3】:
02、划痕宽度分析
(1)划痕面积分析
1. ImageJ开启待分析划痕照片,先根据Image -> Type -> 8-bit将图片文件格式转换为8-bit灰度级照片,再根据Process -> Smooth将照片开展平滑处理,最终点一下Process -> Find Edges找寻边沿:
2. Process -> Filters -> Gaussian Blur…Sigma设成6,对图片开展朦胧解决:
3. Image -> Adjust -> Threshold,依照自身必须调节合适的阀值,调节适合后点一下Apply:
这时获得的图片黑色灰度级为0,乳白色灰度级为255。
4. 应用魔棒工具挑选划痕,Edit -> Clear消除划痕内部结构的体细胞,随后应用Edit -> Clear outside去除非是划痕一部分的乳白色间隙。Edit -> Invert将划痕变化为深灰色,再度对一整张照片开展翻转,获得划痕为乳白色、非划痕一部分为灰黑色:
5. 认证所得的划痕面积的精确性
运用魔法棒点一下乳白色地区,点一下Analyze -> Tools -> ROI Manager…-> Add,开启原图,点一下ROI Manager中刚Add的地区,此区域可能表明在原图中,根据合乎水平回到第3步调节阀值,调节目地地区:
(2)划痕宽度测算1. 将获得上流程获得黑与白划痕照片应用Image -> Transform -> Rotate 90 Degrees Right/Left开展转动:
2. Edit -> Selection -> Select All选中全部照片。点一下Analyze -> Plot Profile,再点击结论左下方的List,点一下新弹出广告中Edit -> Copy,拷贝全部数据信息,黏贴至新创建Excel中:
3. 划痕宽度分析构思
Plot Profile获得的Gray value变化指一整张照片从左到右相匹配的每一个相对高度的灰度级的均值。灰黑色灰度级为0,乳白色灰度级(意味着划痕)为255,仅有乳白色范畴可以危害均值灰度级。
实例划痕图片宽度为460*500 pixels,则有460条竖平行线遮盖图片,下面的图X为竖平行线序号。划痕宽度乘于255除于500即相匹配均值灰度级。相反利用利用公式计算:(Y*500)/255就可以获得成条网上乳白色的范围的长短(500为一条线的总长),也就是划痕宽度:
进一步可以求每份划痕的均值宽度。特别注意的是,此次测算划痕宽度并没有开展尺标校准实际操作,故获得的宽度企业为清晰度。在Analyze -> Set Scale开展尺标校准后可以获得其具体间距。
最终,检查一下所愿宽度是不是和具体相符合:
03、汇总
利用对二值化图片开展Plot Profile实际操作,大家方便快捷、精确的获得了划痕相匹配的每一个清晰度的宽度,这提醒我们在日常的科学研究生活中应当勇于开拓、保证举一反三!今日的给各位共享ImageJ高效率剖析划痕宽度就到这里了,期待对我们有些协助!
在科学研究界的武林中,广为流传着一大武器—— ImageJ,称得上数据信息图像检测解决的“巨阙剑”。
版权声明:本文内容由互联网用户自发贡献,该文观点仅代表作者本人。本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如发现本站有涉嫌抄袭侵权/违法违规的内容, 请发送邮件至 举报,一经查实,本站将立刻删除。